1960'ta Sezgin, Türkiye'deki askeri darbenin ardından yeni hükümet tarafından üniversiteden ihraç edildi ve araştırmalarına yurtdışında devam etmek zorunda kaldı.
Fuat Sezgin, Arap-İslam dünyasında doğa bilimlerinin tarihine bilimsel odaklanarak Frankfurt Üniversitesi'nde araştırma ve öğretim faaliyetlerine devam etti. 1965'te orada habilitasyon tezini yazdı ve bir yıl sonra profesör unvanını aldı.
Sezgin, çalışmaları sırasında Carl Brockelmann'ın "Arap Edebiyatı Tarihi" adlı eserini genişletmek için malzeme toplamaya başladı.
Araştırmasının bir sonucu olarak, ilk cildini yayınladı.
Bugüne kadar bu alandaki en kapsamlı çalışma olarak kabul edilen 17 ciltlik "Arap Kutsal Yazılarının Tarihi" çalışması.
"Bir müzeyi dolduramayabilirim, belki bir odayı doldurabilirim" düşüncesiyle Frankfurt'ta kurduğu İslam Bilimleri Tarihi Müzesi'nde 700'den fazla cihaz modelledi ve böylece kendi beklentilerini çok aştı. Aynı binada, hayatı boyunca dünyanın her yerinden büyük bir özen ve çabayla topladığı 45.000 ciltlik bilim tarihi kütüphanesi de vardı.
Fuat Sezgin 30.6.2018, son yıllarını geçirdiği ve araştırmalarına devam ettiği İstanbul'da vefat etti.
Hayatını çok çalışarak hiç yorulmadan büyük bir gayretle bilime adadı ve eşsiz değerli eserleri ve düşünceleri geride bıraktı.
Frankfurt’a düzenlenen bu proğramı takib eden gazeteci yazar, arkadaşım Yılmaz Kuzucu benim için videolar çekerek gönderdi. Bende bu canlı videodan takip ettim. Konuşmaları dinledim. Bu programı düzenleyen YTB başkanımıza, Frankfurt Başkonsolosluğumuza , kültür bakanlığımıza ve Konuşan ilim insanlarımıza, salonu dolduran sivil kitle kuruluşu yöneticilerine, beni canlı video çekimi ile bilgilendiren Yılmaz Kuzucu gönüldaşıma teşekkür ediyorum. Devletimin yöneticilerini kutluyorum.