Tüberküloz hastalığının tedavi yöntemlerindeki gelişmeler ve toplumda bu hastalığın görülme sıklığındaki azalma, hastanenin işlevselliğini etkiledi. Tüberküloz, modern tıbbi tedavilerle kontrol altına alınabilir hale geldiği için, bu tür özel hastanelere olan ihtiyaç azalmıştır.
Tüberküloz tedavisindeki yenilikler, hastaların tedavi süreçlerini daha uygun şartlarda geçirebilecekleri alternatif sağlık kurumlarına yönelmesine neden oldu. Bu durum, Heybeliada Verem Hastanesi'nin önemini azaltmıştır.
Hastanenin işletme maliyetleri, artan sağlık hizmetleri standartları ve bakım gereksinimleri nedeniyle sürdürülebilirlik sorunları yaşamış olabilir. Devlet desteklerinin yetersizliği, hastanenin kapanmasına sebep oldu.