Yozgat’ın Yerköy ilçesinde doğdu. İlkokulu ve ortaokulu Yerköy’de, liseyi Burdur’da okudu. 1984'te Fırat Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünü bitirdikten sonra 1985'te Diyarbakır Ergani Lisesinde Edebiyat öğretmeni olarak göreve başladı.1987’de Çermik Lisesi edebiyat öğretmenliği ve 1989'da Çermik Lisesi Müdürlüğüne atandı. 1992’de Erciyes Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde Halk Edebiyatı sahasında yüksek lisansa başladı ve aynı yıl Melikgazi I. Endüstri Meslek Lisesi Edebiyat Öğretmenliğine atandı. 1993 yılında yüksek lisansını "Türk Halk Hikâyeleri Metin - Tahlil" başlığıyla tamamlayan Altınkaynak, 1997 yılında “Pınarbaşı, Sarız, Tomarza Avşar Ağıtları” adlı tezle doktor unvanını aldı.1999-2000 Eğitim öğretim yılında TDAV’ın bursuyla, Kazakistan-Almatı-Abay Devlet Üniversitesinde öğretim üyesi olarak görevlendirildi. Burada Türk Edebiyatı Tarihi, Türk Dili Tarihi, Stilistika, Yazılı Anlatım ve Türkiye Türkçesi Grammatikası derslerini okuttu. 2002-2003 ve 2003-2004 eğitim öğretim yıllarında Ukrayna’nın Kırım Özerk Cumhuriyeti, Akmescit Vilayetindeki Devlet Pedagoji ve Mühendislik Üniversitesi’nde TİKA Türkoloji projesinde görev aldı. 2004-2005 Eğitim öğretim yılında Hoca Ahmed Yesevi Üniversitesi’nin sponsorluğunda Kazakistan’ın Almata, Kentav, Yesi (Türkistan) şehirlerinde bulunarak araştırma ve incelemelerde bulundu. Çalışma konuları ile ilgili olarak Ege Üniversitesi, Balıkesir Üniversitesi, Hoca Ahmed Yesevi Üniversitesi bünyesinde konferanslar verdi. 2011 yılında Gürcistan’ın Tiflis şehrinde İvana Cevahişvili Üniversitesinde 6 ay süreyle Türk Edebiyatı alanında dersler ve seminerler verdi. Abay, Politeknik, Jenpi Üniversitelerinde danışmanlık ve seminerler verdi.2009 yılında Türk Halk Edebiyatı Doçenti olan Altınkaynak 2014 yılında Profesör oldu. Ardahan Üniversitesi İnsani Bilimler ve Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü öğretim üyesi olarak görev yaptı. Halk edebiyatı ve halkbilimi alanında çok sayıda kitabı, makalesi ve bildirisi bulunan Erdoğan Altınkaynak, Erciyes, Bizim Gençlik, Türkü, Genç Nefer, Bal-Tam, Kültür Çağlayanı, Kaynak, Karadeniz-Black Sea-Çornoye More, Bilimsel Eksen, Kültür Evreni gibi dergilerin yayın kurulunda görev aldı ve redaktörlüğünü yaptı.Türkü, Geçit, Genç Nefer, Bizim Gençlik, Erciyes, Türk Folkloru, Bünyan Kültürü, Yedigöl, Hamidiye, Türk Kültürü, Türk Dünyaşı Araştırmaları, Yeni Türkiye, Anayurttan Atayurda Türk Dünyası, Kultura Naradov Preçernamorye, Türksoy, Türk Dünyası Araştırmaları, Türk Dünyası Araştırmaları Tarih, Hacı Bektaş Veli Araştırmaları, Karadeniz Araştırmaları, Türkologik Mejmuga, Karadeniz-Black Sea-Çornoye More, Turkish Studies gibi dergi ve gazetelerde yazı ve şiirleri yayınlandı. Arayışlar ve Hasbihaller adlı iki de şiir kitabı çıkardı. Turizm Bakanlığının açmış olduğu "2000'li yıllarda Türk Turizminin Ekonomik ve Sosyo-Kültürel Boyutları" konulu yarışmada Yaşar Elden ile birlikte hazırlamış oldukları tez ile mansiyon ödülü aldı. Mahallî radyo ve televizyon kurumlarında çeşitli konularda sohbet, panel ve konuşma programlarına katıldı. Bugüne kadar yayınlanmış 24 kitabı vardır. Kırım Karayları Bilim Kurulu Türkiye üyesidir. Hıristiyan ve Musevi Türkler ile âşık edebiyatı üzerine çalışmalarını yoğunlaştırmış olup bu konularda çok geniş bir arşivi bulunmaktadır.